Mae’r Warant Frenhinol yn caniatáu penodi un ar ddeg o Gomisiynwyr, gan gynnwys y Cadeirydd. Bydd cyfrifoldeb arnynt fel unigolion ac ar y cyd i’r Cynulliad i roi arweinyddiaeth effeithiol i’r Comisiwn Brenhinol o ran diffinio a datblygu ei gyfeiriad strategol a phennu ei amcanion. Hwy fydd yn sicrhau y caiff gweithgareddau’r Comisiwn eu cynnal yn effeithlon ac yn effeithiol, a byddant yn hybu safonau uchel o ran rheoleidd-dra, priodoldeb a chael gwerth am yr arian wrth ddefnyddio arian cyhoeddus.
Y Comisiynwyr sy’n sicrhau y caiff strategaethau eu datblygu i gyflawni amcanion cyffredinol y Comisiwn Brenhinol yn unol â’r polisïau a’r blaenoriaethau sydd wedi’u sefydlu gan y Cynulliad Cenedlaethol, ac yn monitro perfformiad y Comisiwn Brenhinol o ran cyflawni ei nodau, ei amcanion a’i dargedau perfformiad.